在鍵結至 Sars-CoV-2 spike RBD 的 Sybody® 候選物上出現曙光

在本技術說明中,我們將示範如何使用 Creoptix WAVE 來瞭解 Sybody® 候選物鍵結至 SARS-CoV-2 接收器鍵結區 (RBD) 的動力學,兩者皆由 Linkster Therapeutics AG 和蘇黎世大學所提供。具備高靈敏度與可靠微流道,Creoptix WAVE 適用於競爭分析、確認並豐富 ELISA 數據。透過為抑制測定提供快速動力學特性分析,在使用 leadXpro 所提供的 ACE2 下,WAVE 可加速 SARS-CoV-2 治療之發展。

簡介

不同於傳統小分子藥物產品,其通常以單一化學個體存在,生物製劑如抗體、奈米抗體和其他在活體系統中製造的大分子是高度複雜的。這也會使得其特性分析充滿挑戰,特別是因為許多生物製劑藥物會以多種不同的變異型式存在,其性質和含量會嚴重受到製造過程的影響。在當前的新冠病毒疫情期間,合成單一配位體抗體 (又稱為奈米抗體或 Sybody) 可能是 COVID-19 預防性治療發展之關鍵,因為它們相當適合以吸入式奈米抗體劑型進行肺部投予治療。1

鍵結親和力 可說是生物製藥,如 Sybody 分子,最廣泛研究的特性之一。但除非能與藥物其他特質一同評估,否則鍵結親和力亦無法提供足夠資訊來預測臨床療效。生物藥物開發的全面特性分析,也應包括鍵結動力學的即時分析,透過準確測量抗體與標的物之間交互作用結合和解離速率。

憑藉無阻塞微流道及優於傳統表面電漿共振 (SPR) 技術的優異靈敏度,可更準確地測量鍵結親和力和鍵結動力學,我們在此展示了 Creoptix WAVE 如何推動生物製劑開發,透過提供 Sybody 候選物對 SARS-CoV-2 棘蛋白上受體鍵結區 (RBD) 的鍵結親和力和選擇性等深入見解。

材料與方法

ACE2 鍵結動力學

生物素化 RBD-vYFP 在 Streptavidin PCP-STA WAVEchip 上進行擷取 (聚羧酸準平面表面;Creoptix AG),密度為 1000 pg/mm2。接著,會將 ACE2 以漸增濃度注入加有 0.05% Tween-20 (TBST) 的 TBS 緩衝液,範圍為 6.25 nM 到 400 nM (兩倍連續稀釋,7 個濃度)。ACE2 以流動速率 15 μl/min 在每個通道注入 360 秒,並將解離設定為 1200 秒,以允許其返回基線。感應圖在 25°C 下進行記錄,並在 WAVEcontrol 上分析數據。透過減除空白注入及參考通道的訊號為數據進行雙重參照。使用 Langmuir 1:1 模型進行數據擬合 (請參閱圖 1)。 

ACE2 競爭

選擇僅 Sybody (500 nM 於 TBST 中)、僅 ACE2 (250 nM 於 TBST 中) 或 Sybody (500 nM) 和 ACE2 (250 nM) 混合進行注入 300 秒,每次解離皆設定為 1200 秒,以確保其返回基線。感應圖在 25°C 下進行記錄,透過減除空白注入和參考通道的訊號進行雙重參照後,數據會使用 WAVEcontrol 覆加。 

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圖 1:純化 ACE2 鍵結至生物素化棘突受體鍵結區 (biotinylated spike RBD) 的動力學

結果

研究歷史

我們的合作是從收到由 Linkster Therapeutics AG 與 Markus Seeger 教授 (蘇黎世大學,微生物學醫學研究所) 使用 Sybody 平台建立的 57 個表現良好且獨特的 Sybody 候選物開始。2 因此,所有 Sybody 候選物都在 Creoptix WAVE 上進行解離速率篩檢,其識別出棘突受體鍵結區的六大強力鍵結。與 ELISA 數據一致,且能提供更多詳細動力學內容如結合速率及解離速率,隨後測得鍵結常數揭露其親和力落在 20-180 nM 之範圍。3 考量到它們之間緊密鍵結的特性,且其親和力與 ACE2/Spike 交互作用具相同範圍,我們決定進一步對六個 Sybody 候選物進行特性分析,調查其與 ACE2 競爭以鍵結至 Spike RBD 的能力。

Sybody 候選物與 ACE2 競爭以鍵結至 Spike RBD。由於 SARS-CoV-2 的病毒 Spike RBD 必須鍵結至人體 ACE2 才會有致病力,所以我們評估了選定 Sybody 候選物在同時注射下,抑制 ACE2 與 Spike RBD 鍵結的能力。 

使用 Stretavidin PCP-STA WAVEchip 來擷取生物素化 Spike RBD,Sybody 候選物和純化 ACE2 以指定濃度單獨或合併注入。如圖 2E 所示,ACE2 在 Sybody 16 存在下幾乎喪失了與 Spike RBD 鍵結之能力,說明其具備絕佳抑制 ACE2 與 Spike 交互作用的能力。此抑制作用僅部分存在於 Sybody 3 或 Sybody 42 (分別為圖 2C 和 2D),Sybody 67 則完全沒有作用 (圖 2B)。此 GCI 資料與先前發表的 ELISA 結果一致 (圖 2E),具備在此類抑制測定中進行快速特性分析之優勢。使用此類型分析測定所收集到的證據,可支持 Sybody 候選物 3、16 和 42 可辨識與 ACE2 鍵結區重疊的 Spike RBD 表面區域之觀察。 

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圖 2:Sybody 候選物與 ACE2 競爭以鍵結至 Spike RBD

結論

簡言之,我們將在此示範 Creoptix WAVE 如何對源自於先前發表之 Sybody 資料庫的候選物進行快速特性分析,同時確認這些 Sybody 候選物如何抑制 ACE2-Spike 的交互作用。3 為 ELISA 數據提供快速正交驗證,透過加速對抗 SARS-CoV-2 的治療發展,Creoptix WAVE 是讓您領先瞭解 COVID-19 疫情的理想選擇。

關鍵要點

瞭解治療發展的鍵結動力學並產出新資料數據,透過 Creoptix WAVE 來強化結果和發表: 

  • 快速並為抑制測定提供深入了解 :更快了解鍵結特性和瞭解競爭動態。 
  • 驗證您的 ELISA 結果 :自信地從競爭測定找出數據相關性。

適合:

  • 吸入式配方的開發
  • 抗原決定位圖譜定位
  • ELISA 資料的正交驗證

致謝

SARS-CoV-2 biotinylated Spike RBD 蛋白質融合至 Venus YFP (RBD-vYFP) 與 Sybody 候選物由 Markus Seeger 教授 (IMM,蘇黎世) 和 Linkster Therapeutics AG 提供。純化、以組胺酸標記的人血管緊張素轉換酶 2 (ACE2) 之 ectodomain 由 Matthieu Botte 博士慷慨提供 (leadXpro)。

參考文獻

  1. van Heeke, G. et. al.2017.Nanobodies as inhaled biotherapeutics for lung diseases.Pharmacol Ther.169, 47-56. doi: 10.1016/j.pharmthera.2016.06.012 
  2. Zimmermann, I. et al.2018.Synthetic single domain antibodies for the conformational trapping of membrane proteins. eLife 7:e34317. doi: 10.7554/eLife.34317
  3. Walter, J.D. et al.2020.Sybodies targeting the SARS-CoV-2 receptor-binding domain. bioRxiv doi: 10.1101/2020.04.16.045419

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