MicroCal VP-ITC에서 PEAQ-ITC로의 결과 전환 방법

이전에 연구에서 MicroCal VP-ITC를 사용했다면 MicroCal PEAQ-ITC에서도 동일한 실험을 수행할 수 있습니다. PEAQ-ITC 소프트웨어와 함께 실험 설계 마법사(experimental design wizard)를 사용하여 알려진 매개변수로 ITC 결과를 예측하고 다양한 농도와 주입 조건을 살펴볼 수 있습니다.

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소개

권장 ITC 설정 비교

설정	VP-ITC	PEAQ-ITC
온도 설정	2~80°C. 대부분의 실험은 10~37°C에서 수행됨	2~80°C. 대부분의 실험은 10~37°C에서 수행됨
기준 전력	10~30µcal/초	3~10µcal/초
교반 속도	약 300rpm	권장 750rpm
셀 용량 / 셀을 채우는 데 필요한 용량	1.4ml/2ml	200µL/300µL
주입 실린지 용량 / 실린지를 채우는 데 필요한 용량	300µL/500µL	40µL/75µL
주입 용량 범위	5~15µL	1~3µL
일반적인 주입 조건	제1차 주입 2µL 주입 2~58: 5µL 또는 주입 2~29: 10µL 또는 주입 2~19: 15µL	제1차 주입 0.4µL 주입 2~39: 1µL 또는 주입 2~19: 2µL 또는 주입 2~13: 3µL
피드백	고	고
필터 시간	2초	NA

표 1: 권장 ITC 설정 비교

[그림 2 TN240816-method-development-vp-itc-peaq-itc.jpg] 그림 2 TN240816-method-development-vp-itc-peaq-itc.jpg

그림 1: PEAQ-ITC 실험 시뮬레이션

샘플 농도 계산

샘플 농도는 결합 친화도 및 C 매개변수에 따라 달라집니다.

N = 1이라고 가정하면: C 값 = [ITC 셀의 농도]/KD

Best는 5~500
필요한 경우 C 값은 1까지 낮추거나 1,000까지 높일 수 있습니다.

PEAQ-ITC의 경우 최소 권장 농도는 5~10µM입니다. 큰 열 변화 및/또는 단단한 결합의 경우 농도를 1~5µM으로 줄일 수 있습니다. 약한 결합 및/또는 낮은 열 변화에는 더 높은 샘플 농도가 필요합니다.

ITC 실린지의 샘플 농도

1:1 결합의 경우 ITC 셀의 농도의 10배를 사용합니다.

PEAQ-ITC 셀은 더 작기 때문에, PEAQ-ITC에서의 결합 실험은 VP-ITC로 동일한 적정 실험을 수행할 때보다 열 변화/주입량 및 총 열 변화가 적습니다. 대부분의 경우, 적합한 결합 곡선은 두 기기에서 유사한 KD 및 ΔH 결과를 생성합니다(아래 그림 2 및 표 2 참조).

참고: ΔH가 낮을 경우 PEAQ-ITC에서 높은 품질의 결과를 얻기 위해 VP-ITC보다 더 높은 샘플 농도가 필요할 수 있다는 것이 관찰되었습니다.

[그림 1 TN240816-method-development-vp-itc-peaq-itc.jpg] 그림 1 TN240816-method-development-vp-itc-peaq-itc.jpg

그림 2: 왼쪽: PEAQ-ITC 실험: 셀에 0.1mM EDTA, 실린지에 1mM CaCl2. 주입 1 0.4µL. 주입 2-20 2µL. N=1.01, KD 573nM, ΔH -3.91kcal/mole. 주입 2의 열 변화: -7.9µcal. 총 열 변화: -78.2µcal. 오른쪽: VP-ITC 실험: 셀에 0.1mM EDTA, 실린지에 1mM CaCl2. 주입 1 2µL. 주입 2-29 10µL. N=1.03, KD 563nM, ΔH -4.14kcal/mole. 주입 2의 열 변화: -40.5µcal. 총 열 변화: -562µcal

고품질 ITC 데이터에 대한 열 변화 지침

열 변화	VP-ITC	PEAQ-ITC
두 번째 주입의 통합 주입 열(첫 번째 전체 주입)	10µcal 이상 이상적임(최소 5µcal)	2.5µcal 이상 이상적(최소 1µcal)
모든 주입의 총 열 변화	80µcal 이상 - 이 값 이하의 데이터에는 노이즈가 심하여 피팅 신뢰성이 떨어질 수 있음	16µcal 이상 - 이 값 이하의 데이터에는 노이즈가 심하여 피팅 신뢰성이 떨어질 수 있음

표 2: 고품질 ITC 데이터에 대한 열 변화 지침

ITC 실험 설계 리소스

ITC 실험 설계에 대한 자세한 지침은 아래 리소스를 참조하십시오.