Características
Facilidade de uso
A interface gráfica do usuário do EasySAXS facilita o acesso particularmente simples e eficiente a todas as funcionalidades de software e configurações de parâmetros. Os dados experimentais de SAXS e os resultados da análise são mostrados em dois painéis gráficos.
Os dados podem ser exibidos de várias maneiras, por exemplo, usando escalas lin/log ou log/log, ou em uma plotagem Guinier, Porod ou Kratky. Um painel de mensagens informa sobre o progresso dos cálculos e exibe dicas e avisos, quando necessário.
Todas as etapas de análise de dados, incluindo todos os detalhes, podem ser armazenadas em um arquivo de projeto. Isso permite retomar sua análise posteriormente ou compartilhar seu esquema de análise com outras pessoas. Todos os dados podem ser exportados para processamento ou exibição posterior com outro software, se desejado.
Opções de análise de dados de SAXS
O software EasySAXS contém uma caixa de ferramentas abrangente compatível com toda a cadeia de análise de dados de SAXS.
- Tratamento primário de dados, como subtração do background e depreciação
- Raio de giro pela análise de Guinier
- Distribuição de tamanho da nanopartícula
- Forma das partículas por análise da função de distribuição de pares
- Área de superfície por análise de Porod
- Dispersão constante e volume de Porod
- Ajuste de modelo e simulações para várias formas e estruturas de partículas
- Análises de dados de USAXS
Os parâmetros de análise podem ser convenientemente definidos no Painel de inspeção de objeto do software.
Os dados podem ser exportados para uma análise mais aprofundada com pacotes de software de SAXS publicamente disponíveis, como ATSAS, Irena e SASfit.
Automação e geração de relatórios
Usuários iniciantes e menos experientes podem começar rapidamente usando o modo automático do EasySAXS. Ele permite a análise automatizada de distribuição de tamanho de poro e partículas de vários arquivos de dados aplicando modelos de análise que contêm configurações de parâmetros predefinidas. Os resultados são sintetizados em relatórios de análise personalizáveis e exportados como arquivos ASCII.
Uma variedade de modelos de análise, aplicáveis a diferentes tipos de amostra, é fornecida com o EasySAXS. Os usuários também podem criar os próprios modelos para amostras de interesse específicas.
Sistema de ajuda
O EasySAXS contém um sistema de ajuda abrangente e contextual. Ele inclui instruções passo a passo para todas as tarefas, descrições de parâmetros, informações teóricas de background, referências à literatura científica, bem como alguns exemplos trabalhados. Um Guia de início rápido adicional ajuda você a explorar o conceito de uso do software nos modos automático e interativo.
Uma colaboração com cientistas de alto nível da EMBL
Alguns dos algoritmos usados no EasySAXS são baseados em códigos do renomado conjunto de software ATSAS desenvolvido pelo Dr. Dmitri Svergun e sua equipe no EMBL (European Molecular Biology Laboratory) em Hamburgo, Alemanha. Isso inclui a função de distribuição de distância de pares e as análises de distribuição de tamanho das partículas habilitadas pelos cálculos de transformação de Fourier indiretos.
O ATSAS é um conjunto de programas popular para análises de dados de dispersão de pequeno ângulo a partir de macromoléculas biológicas. Os dados experimentais de SAXS adquiridos com o ScatterX78 a partir de soluções de proteínas diluídas podem ser pré-processados com o EasySAXS e depois exportados para ATSAS para análise mais aprofundada, por exemplo, reconstrução ab initio de forma de proteína.
Especificações
O pacote total
O pacote EasySAXS inclui um Guia de início rápido, bem como uma função de ajuda eletrônica detalhada. Ele também contém modelos de análise para processamento automático em lote de dados experimentais e arquivos de exemplo para execução de exercícios. O EasySAXS é executado no Windows 7, Windows 8.1 (64 bits) e Windows 10 (64 bits).
Versão atual: 2.2